A finales del siglo XVIII la Orden comenzó a experimentar un periodo de declive debido a las políticas reformistas de la monarquía española. Las Reformas Borbónicas promovieron la secularización de muchas parroquias administradas por religiosos, que pasaron al clero diocesano.
Tras la independencia de México, la situación se agravó con las leyes liberales del siglo XIX. En particular, la Ley Juárez y la Ley Lerdo afectaron gravemente a las órdenes religiosas.
En 1861 se decretó la exclaustración, lo que implicó el cierre de conventos y la dispersión de los frailes. El convento de Santo Domingo de la Ciudad de México, casa madre de la provincia, fue clausurado.
Hacia 1894 la presencia dominicana en México estaba casi extinguida, quedando solamente cuatro frailes ancianos en todo el país.
La restauración comenzó en 1895, cuando frailes dominicos procedentes de España regresaron a México para reactivar la vida de la Orden.
Durante varias décadas las comunidades funcionaron como misiones dependientes de provincias españolas, especialmente de la provincia dominicana de España.
Finalmente, en 1961, cien años después de la exclaustración, se declaró formalmente restaurada la Provincia de Santiago de México, recuperando su organización propia dentro de la Orden de Predicadores.